Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας (Ε.Λ.Κ.Ε.) του Πανεπιστημίου Μακεδονίας ιδρύθηκε το 1983 και αποσκοπεί στη διαχείριση και αξιοποίηση των κονδυλίων επιστημονικής έρευνας, εκπαίδευσης, κατάρτισης, τεχνολογικής ανάπτυξης και καινοτομίας, καθώς και παροχής συναφών υπηρεσιών, προς επίτευξη του σκοπού του.
Σκοπός του ΕΛΚΕ είναι η διαχείριση και διάθεση κονδυλίων που προέρχονται από οποιαδήποτε πηγή χρηματοδότησης, όπως αυτές καθορίζονται στο άρθρο 230 και προορίζονται για την κάλυψη δαπανών, οποιουδήποτε είδους, που είναι απαραίτητες για τις ανάγκες εκτέλεσης έργων ερευνητικών, εκπαιδευτικών, επιμορφωτικών, αναπτυξιακών, καθώς και έργων συνεχιζόμενης κατάρτισης, σεμιναρίων και συνεδρίων, παροχής επιστημονικών, τεχνολογικών και καλλιτεχνικών υπηρεσιών, εκπόνησης ειδικών και κλινικών μελετών, εκτέλεσης δοκιμών, μετρήσεων, εργαστηριακών εξετάσεων και αναλύσεων, παροχής γνωμοδοτήσεων, σύνταξης προδιαγραφών για λογαριασμό τρίτων, σχεδιασμού και υλοποίησης επιστημονικών, ερευνητικών, πολιτιστικών και αναπτυξιακών προγραμμάτων, καθώς και άλλων συναφών υπηρεσιών, προς όφελος του Α.Ε.Ι.
Όλα τα παραπάνω τελούν υπό την προϋπόθεση ότι εκτελούνται από το επιστημονικό προσωπικό του Πανεπιστημίου με την συνδρομή και επιπλέον ειδικών επιστημόνων, προς όφελος του Ιδρύματος και με σκοπό να συμβάλει στην παραγωγή της επιστημονικής έρευνας.
Όργανα διοίκησης και διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε. είναι:
α) Η Επιτροπή Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε.
β) Ο Πρόεδρος της Επιτροπής Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε.
Η Μονάδα Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης του Ε.Λ.Κ.Ε. είναι η αρμόδια υπηρεσία για τη διοικητική υποστήριξη και οικονομική διαχείριση του Ε.Λ.Κ.Ε.